某军方实验室在一次“生物相位转移”实验中发生重大事故。实验体A拥有了完全透明的身体和隐形能力；实验体B则与苍蝇基因融合，拥有了飞行、复眼和远超常人的力量，但皮肤溃烂，长出甲壳。透明人利用隐形能力逃离实验室，开始在城市中游荡，偷窥、偷窃，逐渐失控。军方不得已释放蝇男去追踪他，因为苍蝇的复眼能捕捉到透明人扭曲光线时留下的微弱痕迹。于是，一场猎人与猎物的游戏在下水道、废弃地铁和深夜的百货商场中展开。透明人发现自己虽然看不见，但蝇男的嗅觉可以定位他。两人在化学工厂最终决战，透明人引爆了氯气罐，蝇男在毒雾中疯狂挥爪，两人同归于尽。事后调查组发现，其实这两个怪物原本就是一对性格不合的双胞胎兄弟。